Одним из важных направлений деятельности «Японских Центров» является содействие Программе подготовки управленческих кадров для предприятий России (Президентская программа) по линии Федеральной Комиссии по организации подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства. Содействие включает как проведение лекционно-семинарских курсов в России силами командированных японских специалистов, так и трехнедельные стажировки участников Президентской программы в Японии.

К настоящему времени на базе «Японских Центров» в России прошли обучение более 20000 слушателей, а на стажировку в Японию было направлено около 5000 человек, из них около 1500 – по линии Президентской программы.

Все виды обучения, включая стажировку в Японии, а также другие программы «Японских Центров» для слушателей и участников являются бесплатными.